В «Цифровом музее НИЯУ МИФИ» экспозиция размещена так же как и в традиционных музеях – в музейных залах. Каждый из залов «Цифрового музея НИЯУ МИФИ» представляет конкретную организацию отечественной атомной отрасли. Из музея каждой конкретной организации в экспозиционном зале представлены лучшие «видеоэкспонаты» – видеосюжеты с кратким описанием реальных экспонатов, а также – краткая характеристика организации и электронный адрес сайта этой организации.